Perbedaan utama antara antigen endogen dan eksogen adalah antigen endogen dihasilkan di dalam sel sedangkan antigen eksogen masuk ke dalam tubuh dari luar.
Antigen adalah molekul atau zat yang bereaksi terhadap produk dari respons imun tertentu dan merangsang pembentukan antibodi. Antigenisitas molekul tertentu adalah kemampuan antigen untuk menginduksi produksi antibodi. Juga, antigen dapat berupa protein atau polisakarida. Selanjutnya, antigen-presenting cells (APCs), seperti sel dendritik memediasi proses pengambilan antigen, pemrosesan antigen, dan presentasi antigen. Selain itu, tergantung pada aktivitas kekebalan, antigen dapat diklasifikasikan sebagai imunogen, tolerogen, atau alergen. Selain itu kita juga dapat mengklasifikasikan antigen menurut asalnya sebagai eksogen atau endogen.
