Perbedaan utama antara antigen dan patogen adalah bahwa antigen adalah zat asing, toksin, atau molekul yang dapat merangsang respons kekebalan untuk menghasilkan antibodi melawannya sementara patogen adalah organisme, terutama mikroba, yang menginfeksi tubuh kita dan menyebabkan penyakit.
Patogen adalah organisme asing yang menyebabkan penyakit pada tumbuhan dan hewan inang. Antigen adalah molekul yang terletak di dinding sel bakteri atau lapisan organisme. Antigen menyebabkan sistem kekebalan tubuh kita menghasilkan antibodi untuk melawannya dan melindungi tubuh kita dari organisme asing yang berbahaya.