Perbedaan utama antara diferensiasi dan morfogenesis adalah bahwa diferensiasi menggambarkan bagaimana sel menjadi terspesialisasi untuk menjalankan fungsi-fungsi unik, sedangkan morfogenesis menggambarkan perkembangan bentuk organisme hidup.
Organisme multisel memulai hidupnya dari satu sel, baik membentuk spora atau zigot. Oleh karena itu, diferensiasi sel dan morfogenesis adalah dua proses yang berbeda dan utama yang terjadi selama perkembangan organisme multiseluler. Diferensiasi adalah proses pembentukan jenis sel khusus yang berbeda. Ini mengarah pada pematangan sel dan jaringan yang melakukan fungsi spesifik untuk suatu organisme. Di sisi lain, morfogenesis adalah proses pengembangan berbagai bentuk organisme hidup. Ini menentukan bentuk sel, jaringan, organ atau organisme.
