Perbedaan utama antara siklus karbon dan siklus fosfor adalah bahwa siklus karbon merupakan siklus biogeokimia yang menggambarkan pergerakan karbon melalui litosfer, hidrosfer, biosfer, dan atmosfer. Sedangkan siklus fosfor menggambarkan pergerakan fosfor melalui litosfer, hidrosfer, dan biosfer.
Karbon, nitrogen, dan fosfor adalah tiga elemen utama yang penting bagi semua makhluk hidup. Sirkulasi unsur-unsur ini melalui komponen biotik dan abiotik yang ada di ekosistem atau lingkungan dijelaskan oleh siklus biogeokimia mereka. Siklus karbon menjelaskan peredaran unsur karbon melalui udara, tanah dan air sedangkan siklus fosfor menjelaskan perilaku fosfor melalui tanah dan organisme hidup. Salah satu perbedaan penting antara siklus karbon dan siklus fosfor adalah bahwa karbon terutama bergerak ke atmosfer sedangkan fosfor tidak berinteraksi dengan atmosfer.
