Perbedaan utama antara gugus fungsi dan substituen adalah bahwa gugus fungsi adalah bagian aktif dari sebuah molekul sedangkan substituen adalah spesies kimia yang dapat menggantikan atom atau sekelompok atom dalam suatu molekul.
Istilah gugus fungsi dan substituen sering dijumpai dalam kimia organik. Gugus fungsional adalah jenis substituen spesifik yang menyebabkan aktivitas molekul. Ini berarti reaksi yang dialami molekul tertentu ditentukan oleh gugus fungsi. Namun, substituen dapat berupa spesi kimia aktif atau spesi kimia tidak aktif.
