Perbedaan utama antara mikronukleus dan makronukleus adalah bahwa mikronukleus adalah inti yang lebih kecil yang berisi genom germline dari protozoa ciliata sedangkan makronukleus adalah inti terbesar, yang mengandung genom somatik protozoa ciliata.
Dimorfisme inti adalah fenomena memiliki dua jenis inti yang berbeda dalam sel yang sama. Ini adalah karakteristik khusus yang ada pada ciliata protozoa dan beberapa foraminifera. Kedua inti ini adalah makronukleus dan mikronukleus. Mereka mengandung genom terpisah. Makronukleus adalah yang lebih besar yang mengontrol metabolisme protozoa ciliata sedangkan mikronukleus adalah yang lebih kecil yang melakukan fungsi reproduksi dan menghasilkan makronukleus.
