Perbedaan utama antara knock in dan knockout bergantung pada metode yang digunakan untuk membuat organisme transgenik. Dalam gen knock in, penyisipan gen baru terjadi sementara dalam knockout gen, penghapusan gen yang ada terjadi untuk menciptakan organisme transgenik.
Organisme transgenik adalah organisme dengan konstitusi genetik yang diubah. 'Organisme rekombinan' adalah sinonim untuk mereka. Dalam kebanyakan kasus, organisme transgenik mengandung karakteristik yang menguntungkan. Saat membuat organisme transgenik, gen menjadi target. Sesuai dengan kebutuhan, suatu gen dapat diperkenalkan atau dihilangkan. Gene knock in mengacu pada pengenalan gen baru sedangkan knockout gen mengacu pada penghapusan gen.
