Perbedaan utama antara ester dan eter adalah bahwa kelompok fungsional ester adalah -COO, sedangkan kelompok fungsional eter adalah -O-.
Ester dan eter adalah molekul organik dengan atom oksigen. Ester memiliki grup –COO. Di sini, satu atom oksigen terikat pada karbon dengan ikatan rangkap, dan oksigen lainnya terikat dengan ikatan tunggal. Karena hanya tiga atom yang terhubung dengan atom karbon, ia memiliki geometri planar trigonal di sekelilingnya. Selanjutnya atom karbon tersebut dihibridisasi sp 2. Selain itu, ester adalah turunan asam karboksilat. Sebaliknya, eter memiliki atom oksigen dengan dua ikatan tunggal dengan dua gugus alkil atau aril. Atom oksigen juga memiliki dua pasangan elektron mandiri.
