Perbedaan utama antara transformasi dan transduksi adalah bahwa transformasi adalah mekanisme yang mengubah materi genetik bakteri dengan mengambil langsung materi genetik eksogen dari sekitarnya melalui membran sel dan memasukkannya ke dalam genom sedangkan transduksi adalah injeksi DNA asing oleh virus bakteriofag menjadi bakteri inang.
Konjugasi adalah metode rekombinasi DNA yang terkenal, yang dapat ditemukan pada eukariota dan prokariota. Para ilmuwan telah menemukan bahwa dimungkinkan untuk mentransfer DNA dari satu sel bakteri ke sel bakteri lainnya dengan dua mekanisme: transformasi dan transduksi. Mirip dengan konjugasi, kedua mekanisme ini mentransfer DNA dalam satu arah, dan rekombinasi terjadi antara alel di daerah DNA homolog. Kedua mekanisme mentransfer jumlah DNA yang sangat sedikit dan tidak mentransfer seluruh kromosom sel.
