Perbedaan utama antara endositosis dan eksositosis adalah endositosis membawa zat ke dalam sel sementara eksositosis mengangkut zat ke luar sel.
Sebuah sel memiliki membran sel yang bertindak sebagai pembatas antara interior sel dan lingkungan luar. Oleh karena itu, memiliki membran seperti itu, sel memerlukan semacam mekanisme transportasi untuk berhubungan dengan lingkungan luar. Misalnya, sel perlu mendapatkan nutrisi dan mengeluarkan limbah dari sel. Untuk tujuan ini, sel memiliki empat mekanisme transportasi dasar: difusi, osmosis, transpor aktif, dan transpor massal. Difusi dan osmosis adalah proses pasif sedangkan transpor aktif dan transpor massal adalah proses aktif yang mengkonsumsi energi. Endositosis dan eksositosis adalah dua jenis mekanisme transportasi massal, yang mengangkut partikel besar melalui membran plasma, baik dari sel ke lingkungan luar atau dari lingkungan luar ke sel. Kedua mekanisme ini membentuk vesikula yang terikat membran sebagai alat transportasi.
