Perbedaan utama antara vertebrata dan chordata adalah bahwa vertebrata adalah subfilum utama chordata yang memiliki kolom vertebral sedangkan chordata adalah hewan yang sangat berevolusi yang memiliki notochord, tali saraf punggung, celah faring, endostyle, dan post-anal ekor selama beberapa periode rentang hidup mereka.
Vertebrata adalah kelompok utama chordata yang berkaitan dengan jumlah spesies, kecanggihan evolusioner, dan banyak aspek lainnya. Apalagi, banyak orang percaya bahwa chordata sama dengan vertebrata. Namun, chordata mencakup dua subphyla lagi selain vertebrata. Mereka adalah subphylum Tunicata (atau Urochordata) dan subphylum Cephalochordata. Oleh karena itu, tidak semua chordata adalah vertebrata, tetapi semua vertebrata adalah chordata. Oleh karena itu, artikel ini mencoba menyoroti perbedaan yang ada antara vertebrata dan chordata secara mendetail.