Perbedaan utama antara bakteri gram positif dan gram negatif adalah bahwa bakteri gram positif memiliki lapisan peptidoglikan yang tebal, sehingga muncul dalam warna ungu sedangkan bakteri gram negatif memiliki lapisan peptidoglikan yang tipis, sehingga muncul dalam warna merah jambu di akhir teknik pewarnaan gram.
Bakteri adalah prokariota di mana-mana yang uniseluler dan mikroskopis. Mereka milik Kerajaan Monera bersama dengan Archaea. Apalagi mereka memiliki organisasi seluler yang sangat sederhana. Secara struktural, mereka tidak memiliki kompartemen internal; inti dan organel lain yang terikat membran. Selain itu, bakteri dapat diklasifikasikan berdasarkan beberapa karakteristik seperti bentuk, susunan genetik, komposisi dinding sel, jumlah flagela, nutrisi, reaksi biokimia, dll. Pewarnaan Gram merupakan salah satu teknik yang umum digunakan dalam identifikasi dan karakterisasi bakteri. Menurut pewarnaan gram terdapat dua kategori bakteri yaitu bakteri gram positif dan bakteri gram negatif. Kedua kelompok bakteri ini berbeda satu sama lain berdasarkan komposisi dinding sel. Oleh karena itu, mereka diwarnai dengan warna berbeda selama teknik pewarnaan gram.