Perbedaan utama antara pencernaan heterotrof dan saprotrof adalah bahwa pencernaan heterotrof bersifat intraseluler sedangkan pencernaan saprotrof ekstraseluler.
Pencernaan merupakan proses penting untuk kelangsungan hidup organisme. Melalui proses ini, nutrisi tersedia untuk diserap oleh organisme. Pencernaan heterotrofik adalah proses pencernaan intraseluler pada organisme, yang bergantung pada makanan organik. Pencernaan saprotrofik adalah proses pencernaan ekstraseluler dimana organisme bergantung pada bahan organik mati. Baik pencernaan heterotrof dan saprotrof penting untuk kelangsungan hidup biosfer. Heterotrof bergantung pada bahan organik dari tumbuhan dan sumber hewan lainnya. Di sisi lain, saprotrof secara langsung bergantung pada bahan organik mati untuk nutrisi mereka. Oleh karena itu, mempelajari pola pencernaan ini membantu mempelajari hubungan nutrisi dalam organisme.