Perbedaan utama antara topoisomerase prokariotik dan eukariotik adalah asal seluler dari topoisomerase. Topoisomerase prokariotik hadir dalam sel asal seluler prokariotik sementara topoisomerase eukariotik hadir di antara organisme dengan asal seluler eukariotik. Selain itu, mereka juga berbeda dalam distribusi. Topoisomerase prokariotik hadir di sitoplasma sel sementara topoisomerase eukariotik didistribusikan di nukleus.
Isomerase adalah sekelompok enzim yang mengkatalisis penataan ulang struktural molekul. Topoisomerase adalah salah satu jenis isomerase. Ini memodifikasi topologi molekul DNA dengan mengatur supercoiling DNA. Ini memotong dan menyegel kembali satu atau kedua untai dupleks DNA. Oleh karena itu, DNA dapat mengalami replikasi, transkripsi, perbaikan, dan segregasi kromosom. Ada dua jenis topoisomerase yaitu topoisomerase I dan II.
