Perbedaan utama antara vektor penyisipan dan pengganti adalah bahwa vektor penyisipan memiliki kemampuan untuk menyisipkan DNA asing dengan panjang sedang sedangkan vektor pengganti memiliki kemampuan untuk menampung DNA asing yang lebih panjang.
Vektor fag adalah bakteriofag yang digunakan untuk kloning. Ada dua jenis vektor fag; mereka adalah vektor penyisipan dan vektor pengganti. Juga, semua vektor fag terdiri dari gen non-esensial. Namun, gen ini harus dihilangkan dari fag untuk memfasilitasi sisipan DNA asing baru.
