Perbedaan Antara Northern Southern Dan Western Blotting

2024 Pengarang: Mildred Bawerman | [email protected]. Terakhir diubah: 2023-12-16 08:39

Perbedaan Utama - Blotting Utara vs Selatan vs Barat

Deteksi urutan spesifik DNA, RNA, dan protein sangat penting untuk berbagai jenis studi dalam biologi molekuler. Elektroforesis gel adalah teknik yang memisahkan DNA, RNA, dan protein menurut ukurannya. Dari profil gel, urutan DNA tertentu, urutan RNA, atau protein dideteksi dengan teknik khusus yang disebut blotting dan hibridisasi dengan probe berlabel. Ada tiga jenis metode blotting yaitu selatan, utara dan barat. Perbedaan utama antara blotting utara selatan dan barat terletak pada jenis molekul yang dideteksi dari sampel. Southern blotting adalah metode yang mendeteksi urutan DNA tertentu dari sampel DNA. Northern blotting adalah teknik yang mendeteksi urutan RNA tertentu dari sampel RNA. Western blotting adalah metode yang mendeteksi protein tertentu dari sampel protein.

DAFTAR ISI

1. Gambaran Umum dan Perbedaan Utama

2. Apa itu Southern Blotting

3. Apa itu Northern Blotting

4. Apa itu Western Blotting

5. Perbandingan Berdampingan - Northern vs Southern vs Western Blotting

6. Ringkasan

Apa itu Southern Blotting?

Teknik Southern blotting dikembangkan oleh EM Southern pada tahun 1975 untuk identifikasi urutan DNA tertentu dari sampel DNA. Ini adalah teknik blotting pertama yang diperkenalkan dalam biologi molekuler. Ini memungkinkan deteksi gen spesifik dari DNA, fragmen spesifik dari DNA, dll. Ada beberapa langkah yang terlibat dalam teknik blotting selatan. Mereka adalah sebagai berikut.

1. DNA diisolasi dari sampel dan dicerna dengan restriksi endonuklease.
2. Sampel yang tercerna dipisahkan dengan elektroforesis gel agarose.
3. Fragmen DNA dalam gel didenaturasi menjadi untaian tunggal dengan menggunakan larutan alkali.
4. DNA untai tunggal ditransfer ke membran filter nitroselulosa dengan transfer kapiler.
5. DNA yang ditransfer difiksasi ke membran secara permanen.
6. DNA tetap pada membran dihibridisasi dengan probe berlabel.
7. DNA yang tidak terikat dicuci dari membran dengan mencuci.
8. Film sinar-X terkena membran dan autoradiograf disiapkan.

Southern blotting diterapkan untuk berbagai aspek biologi molekuler. Ini berguna dalam pemetaan RFLP, studi forensik, metilasi DNA dalam ekspresi gen, deteksi gen yang bermutasi dalam kelainan genetik, sidik jari DNA, dll.

Gambar 01: Teknik Blotting Selatan

Apa itu Northern Blotting?

Northern blotting adalah metode yang dirancang untuk mendeteksi urutan RNA tertentu atau urutan mRNA dari sampel untuk mempelajari ekspresi gen. Teknik ini dikembangkan oleh Alwine, Kemp, dan Stark pada tahun 1979. Teknik ini berbeda dengan teknik sourthern dan western blotting karena beberapa tahap. Namun, teknik ini juga dilakukan melalui elektroforesis gel, blotting, dan hibridisasi dengan probe dan deteksi berlabel khusus. Teknik blotting utara dilakukan sebagai berikut.

1. RNA diekstraksi dari sampel dan dipisahkan dengan elektroforesis gel.
2. RNA ditransfer dari gel ke membran blotting dan difiksasi.
3. Membran diperlakukan dengan probe berlabel yang dibuat dari cDNA atau RNA (probe melengkapi urutan tertentu dalam sampel).
4. Probe diinkubasi dengan membran untuk mengikat dengan urutan tertentu.
5. Probe yang tidak terikat dicuci.
6. Fragmen yang dihibridisasi dideteksi oleh autoradiograf.

Northern blotting adalah alat penting dalam deteksi dan kuantifikasi mRNA hibridisasi, mempelajari degradasi RNA, evaluasi waktu paruh RNA, deteksi penyambungan RNA, mempelajari ekspresi gen, dll.

Gambar 02: Northern Blotting

Apa itu Western Blotting?

Western blotting adalah metode untuk mendeteksi protein tertentu dari campuran protein dengan menggunakan antibodi berlabel. Oleh karena itu, western blot disebut juga sebagai immunoblot. Teknik ini diperkenalkan oleh Towbin dkk pada tahun 1979 dan sekarang secara rutin dilakukan di laboratorium untuk analisis protein. Langkah-langkahnya adalah sebagai berikut.

1. Protein diekstraksi dari sampel
2. Protein dipisahkan berdasarkan ukurannya menggunakan elektroforesis gel poliakrilamida
3. Molekul yang terpisah dipindahkan ke membran PVDF atau membran nitroselulosa dengan elektroporasi
4. Membran diblokir untuk pengikatan nonspesifik dengan antibodi
5. Protein yang ditransfer terikat dengan antibodi primer (antibodi berlabel enzim).
6. Membran dicuci untuk menghilangkan antibodi primer yang tidak terikat secara spesifik
7. Antibodi terikat dideteksi dengan menambahkan substrat dan mendeteksi endapan berwarna yang terbentuk

Western blotting berguna untuk mendeteksi antibodi anti-HIV dalam sampel serum manusia. Western blot juga dapat digunakan sebagai tes konfirmasi untuk infeksi Hepatitis B dan tes definitif untuk penyakit sapi gila.

Gambar 03: Western Blotting

Apa perbedaan antara Northern Southern dan Western Blotting?

Artikel Diff Tengah sebelum Tabel

Blotting Utara vs Selatan vs Barat
Jenis Molekul yang Terdeteksi
Northern Blotting	Northern blotting mendeteksi urutan RNA tertentu dari sampel RNA.
Southern Blotting	Southern blotting mendeteksi urutan DNA tertentu dari sampel DNA.
Western Blotting	Western blotting mendeteksi protein tertentu dari sampel protein.
Jenis Gel
Northern Blotting	Ini menggunakan gel agarose / formaldehida.
Southern Blotting	Ini menggunakan gel agarose.
Western Blotting	Ini menggunakan gel Poliakrilamida.
Metode Blotting
Northern Blotting	Ini adalah transfer kapiler.
Southern Blotting	Ini adalah transfer kapiler.
Western Blotting	Ini adalah transfer listrik.
Probe Digunakan
Northern Blotting	probe cDNA atau RNA berlabel radioaktif atau nonradioaktif.
Southern Blotting	Probe DNA diberi label secara radioaktif atau non-radioaktif.
Western Blotting	Antibodi primer digunakan sebagai probe.
Sistem Deteksi
Northern Blotting	Ini dilakukan dengan menggunakan autoradiograf, atau deteksi cahaya atau perubahan warna.
Southern Blotting	Ini dilakukan dengan menggunakan autoradiograf, deteksi cahaya atau perubahan warna.
Western Blotting	Ini dilakukan dengan menggunakan deteksi perubahan cahaya atau warna.

Ringkasan - Blotting Utara vs Selatan vs Barat

Blotting adalah teknik khusus yang dikembangkan untuk identifikasi DNA, RNA, atau protein spesifik dari sampel. Ada tiga prosedur blotting yang terpisah, yaitu utara, selatan dan barat, untuk mendeteksi jenis molekul tertentu. Teknik Northern blotting dirancang untuk mendeteksi urutan RNA tertentu dari campuran RNA. Teknik Southern blotting memungkinkan deteksi urutan DNA tertentu dari sampel DNA dan teknik western blotting dikembangkan untuk mengidentifikasi protein tertentu dari campuran protein.