Perbedaan utama antara contig dan scaffold adalah bahwa contig tidak memiliki celah sedangkan scaffold terdiri dari contig dan gap.
Pengurutan genom organisme multisel sangat sulit dibandingkan dengan pengurutan organisme uniseluler. Pengurutan senapan seluruh-genom adalah teknik pengurutan genom yang mudah dan cepat untuk genom multiseluler. Ini adalah metode yang mengurutkan banyak fragmen DNA yang tumpang tindih secara paralel. Dalam metode ini, fragmen kecil dikumpulkan menjadi fragmen yang lebih besar dan kemudian menjadi contig yang lebih besar menggunakan komputer. Kemudian kontig dirakit menjadi perancah dan akhirnya menjadi kromosom. Oleh karena itu, contig adalah rangkaian urutan nukleotida yang terus menerus sedangkan scaffold adalah bagian dari genom yang terdiri dari contig dan gap. Baik contig dan scaffold adalah urutan genom yang direkonstruksi.
