Perbedaan utama antara plastoquinone dan plastocyanin adalah bahwa plastoquinone adalah molekul pembawa lipofilik yang mentransfer elektron ke plastosianin melalui kompleks protein sitokrom b6f. Tapi, plastosianin adalah protein biru-tembaga kecil yang larut dalam air yang menerima sepasang elektron dari kompleks sitokrom b 6 f dan meneruskannya ke fotosistem I di ruang tilakoid.
Fotosintesis memiliki dua jenis reaksi yaitu reaksi bergantung cahaya dan reaksi tidak tergantung cahaya. Kedua jenis fotosistem ini memainkan peran penting dalam reaksi yang bergantung pada cahaya. Mereka adalah fotosistem I dan II. Fotosistem adalah kompleks besar protein dan pigmen atau molekul penyerap cahaya. Mereka menangkap energi dari sinar matahari. P700 adalah pusat reaksi fotosistem I sedangkan P680 adalah pusat reaksi fotosistem II. Setiap fotosistem menyerap cahaya dan menghasilkan ATP melalui fotofosforilasi. Mereka juga memproduksi NADPH. Beberapa jenis akseptor elektron berpartisipasi dalam reaksi bergantung cahaya. Plastoquinone dan plastocyanin adalah dua jenis molekul yang terlibat dalam rantai transpor elektron.
