Perbedaan utama antara borazin dan benzena adalah bahwa borazin mengandung tiga atom boron dan tiga atom nitrogen dalam struktur cincin sedangkan benzena mengandung enam atom karbon dalam struktur cincin.
Baik borazin dan benzena memiliki struktur yang mirip dengan cincin beranggota enam, dan kedua senyawa ini bersifat isoelektronik. Artinya, baik borazine maupun benzene memiliki jumlah elektron yang sama atau struktur elektronik yang sama. Namun, mereka memiliki sifat kimia dan fisik yang sangat berbeda karena cincin senyawa ini terdiri dari atom yang berbeda.