Perbedaan utama antara GFP dan EGFP adalah bahwa GFP adalah protein tipe liar yang tergabung dalam kloning molekuler sel non-mamalia sedangkan EGFP adalah jenis GFP yang diperbaiki atau direkayasa yang dapat digunakan pada sel mamalia.
Kloning molekuler adalah teknik lanjutan yang sangat digunakan para ilmuwan dalam mengekspresikan protein melalui teknologi rekombinan. Dalam teknologi DNA rekombinan, vektor rekombinan harus berhasil diubah menjadi organisme inang. Oleh karena itu, selama proses transformasi, harus diidentifikasi dan dikonfirmasi apakah gen yang diinginkan telah berubah atau tidak menjadi inang. Untuk menilai ini, ahli biologi molekuler mengadopsi beberapa teknik. Dari teknik-teknik tersebut, salah satunya adalah gen reporter. Gen reporter ini bertindak sebagai penanda yang dapat dipilih untuk memilih transforman yang benar. Jadi, Green Fluorescent Protein (GFP) dan Enhanced Green Fluorescent Protein (EGFP) adalah dua protein pelapor yang digunakan dalam kloning molekuler.
