Perbedaan utama antara QTL dan GWAS bergantung pada jenis urutan yang digunakan dalam analisis. QTL menggunakan lokus gen keterkaitan untuk menganalisis sifat fenotipik yang terkait dengan pewarisan poligenik sementara GWAS menggunakan seluruh rangkaian genom untuk menganalisis polimorfisme nukleotida tunggal dari suatu kondisi tertentu.
Peta QTL dan GWAS memainkan peran penting dalam analisis genetik untuk berbagai sifat. Selain itu, mereka penting dalam menganalisis berbagai kondisi penyakit dengan etiologi yang tidak diketahui. Selain itu, pengurutan memainkan peran kunci dalam kedua teknik tersebut. Teknik ini selanjutnya dapat digabungkan dengan teknik throughput tinggi lainnya untuk meningkatkan akurasi dan presisi.
