Perbedaan utama antara khimera dan mosaik adalah jumlah zigot yang terlibat dalam pembentukan setiap organisme. Populasi sel yang berbeda berasal dari dua zigot di chimera sedangkan populasi sel yang berbeda berasal dari satu zigot dalam mozaik.
Chimera dan mozaik pada awalnya merupakan konsep mitos tentang kombinasi genetik. Namun, dengan kemajuan genetika dan biologi molekuler, sekarang dimungkinkan untuk secara ilmiah menjelaskan fenomena chimerisme dan mozaikisme. Baik dalam chimerism dan mosaicism, beberapa sel tubuh membawa genom yang berbeda. Dengan demikian, jaringan yang sama mungkin mengandung dua atau lebih populasi sel yang berbeda. Selanjutnya, dua zigot berpartisipasi dalam pembentukan embrio yang berkembang menjadi khimera sementara satu zigot berpartisipasi dalam pembentukan embrio yang berkembang menjadi mosaik. Mutasi pada perkembangan awal adalah alasan mozaikisme sedangkan keterlibatan dua zigot yang berbeda menjadi alasan chimerisme.
