Perbedaan utama antara metabolisme dan pencernaan adalah bahwa metabolisme adalah rangkaian lengkap reaksi biokimia yang terjadi dalam suatu organisme, sedangkan pencernaan adalah pemecahan molekul makanan besar yang tidak larut menjadi molekul kecil yang dapat diserap ke dalam aliran darah.
Metabolisme dan pencernaan adalah proses penting yang terjadi pada organisme hidup. Seperti disebutkan di atas, metabolisme mengacu pada seluruh rangkaian reaksi kimia dan fisiologis yang terjadi pada organisme hidup, termasuk hewan dan tumbuhan. Pencernaan, yang merupakan pemecahan makanan, juga merupakan bagian dari metabolisme.