Perbedaan utama antara clone by clone sequencing dan shotgun sequencing terletak pada metode perilakunya. Kloning dengan metode sekuensing klon melibatkan pemetaan kromosom dan kloning sebelum pengurutan, sementara klon dengan pengurutan senapan menghilangkan langkah-langkah pemetaan dan kloning kromosom selama pengurutan.
Clone by clone sequencing dan clone by shotgun sequencing adalah dua metode sekuensing genom modern. Clone by clone sequencing adalah metode pengurutan yang lebih andal. Namun, metode klon dengan urutan senapan lebih cepat dan lebih murah. Artikel ini berfokus pada perbedaan halus antara klon dengan pengurutan klon dan pengurutan senapan.