Perbedaan Kunci - Pengurutan Exome vs RNA
Pengurutan asam nukleat adalah teknik yang menentukan urutan nukleotida dalam fragmen DNA atau RNA tertentu dari suatu organisme. Pengurutan penting untuk mengidentifikasi susunan DNA dan RNA sel dan membedakan gen tertentu yang mengkode protein fungsional; dengan demikian, sekuensing dapat digunakan untuk memahami mutasi gen dan ekspresi gen ini. Metode Sanger Sequencing atau yang lebih maju Metode pengurutan generasi berikutnya adalah metode pengurutan yang umum digunakan. Pengurutan exome adalah pengurutan dari set lengkap ekson atau pengkodean daerah DNA yang ada dalam suatu organisme sedangkan pengurutan RNA adalah prosedur pengurutan asam ribonukleat (RNA). Inilah perbedaan utama antara sekuensing exome dan RNA.
ISI
1. Gambaran Umum dan Perbedaan Utama
2. Apa itu Pengurutan Exome
3. Apa Pengurutan RNA
4. Persamaan Antara Pengurutan Exome dan RNA
5. Perbandingan Berdampingan - Pengurutan Exome vs RNA dalam Bentuk Tabular
6. Ringkasan
Apa itu Pengurutan Exome?
Exome adalah bagian dari genom yang terdiri dari gen pengkode dari organisme tertentu. Gen pengkode dinamai sebagai ekson dan ditranskripsi menjadi mRNA dan kemudian diterjemahkan ke dalam urutan asam amino. Selama modifikasi pasca transkripsi, mekanisme penyambungan RNA pada eukariota menghilangkan intron (daerah non pengkode), dan ekson tetap ada. Ada dua teknik utama di mana pengurutan exome dilakukan: berbasis solusi dan berbasis array.
Dalam sekuensing exome berbasis larutan, sampel DNA difragmentasi menggunakan enzim restriksi atau metode mekanis dan didenaturasi oleh panas. Dalam teknik ini, probe oligonukleotida terbiotinilasi (umpan) digunakan untuk hibridisasi selektif dengan daerah target dalam genom. Manik-manik streptavidin magnetik digunakan untuk langkah pengikatan. Pengikatan diikuti oleh langkah pencucian di mana urutan yang tidak terikat dan tidak ditargetkan disapu. Target yang terikat kemudian diamplifikasi menggunakan Polymerase Chain reaction (PCR) dan kemudian diurutkan dengan menggunakan teknik Sanger sequencing atau Next Generation Sequencing.
Gambar 01: Pengurutan Exome
Metode berbasis larik juga serupa dengan metode berbasis solusi, kecuali fragmen DNA ditangkap ke dalam larik mikro, kemudian dilakukan pengikatan dan pencucian sebelum diurutkan.
Urutan exome digunakan dalam banyak aplikasi seperti diagnosis genetik penyakit, dalam terapi gen, dalam mengidentifikasi penanda genetik baru, di bidang pertanian untuk mengidentifikasi berbagai sifat agronomi yang bermanfaat dan dalam prosedur pemuliaan tanaman.
Apa itu RNA Sequencing?
Pengurutan RNA didasarkan pada transkriptom, yang merupakan transkrip lengkap sel. Tujuan utama dari pengurutan RNA adalah untuk membuat katalog semua spesies transkrip, termasuk mRNA, RNA non-coding, dan RNA kecil, untuk menentukan struktur transkripsi gen dan untuk mengukur tingkat ekspresi setiap transkrip selama pengembangan. Selama sekuensing RNA, teknologi hibridisasi (yang merupakan DNA pelengkap yang berasal dari sekuens mRNA matang) pada awalnya digunakan untuk sekuensing. Saat ini, teknik through-put yang lebih akurat dan canggih digunakan untuk pengurutan RNA.
Gambar 02: Pengurutan RNA
Dalam pengurutan RNA, sampel RNA yang dapat berupa RNA total atau RNA yang difraksionasi diubah menjadi DNA pelengkap (cDNA) menggunakan transkripsi terbalik, dan perpustakaan cDNA disiapkan. Setiap fragmen cDNA dipasang ke adaptor di kedua sisi (pengurutan ujung pasangan) atau di satu sisi (pengurutan ujung tunggal). Urutan yang diberi tag ini diurutkan menggunakan pengurutan Sanger atau generasi berikutnya, seperti pengurutan exome.
Apa Persamaan Antara Pengurutan Exome dan RNA?
- Fragmen yang dipilih pendek atau seluruh rangkaian DNA / RNA dapat digunakan untuk sekuensing Exome atau RNA.
- Fragmen berurutan disimpan di perpustakaan.
- Sanger sequencing atau Next Generation sequencing dapat digunakan.
- Keduanya adalah metode sekuensing in vitro.
- Fragmen berurutan dapat ditentukan dengan tag fluorescent.
Apa Perbedaan Antara Exome dan RNA Sequencing?
Artikel Diff Tengah sebelum Tabel
Pengurutan Exome vs RNA |
|
| Pengurutan exome adalah pengurutan dari set lengkap ekson atau pengkodean daerah DNA yang ada dalam suatu organisme. | Pengurutan RNA mengacu pada prosedur pengurutan asam ribonukleat (RNA); transkrip. |
| Memulai Sampel | |
| DNA genom adalah sampel awal sekuensing exome. | RNA adalah sampel awal pengurutan RNA. |
| Komposisi | |
| Ini hanya berisi daerah pengkodean dari total DNA yang dikenal sebagai Ekson | Ini berisi RNA-mRNA / transcriptome. |
| Pengurutan | |
| Ada dua metode utama pengurutan exome; berbasis solusi dan teknologi berbasis larik. | Pengurutan RNA dilakukan melalui persiapan perpustakaan cDNA dengan mengekstraksi RNA total atau RNA yang terfragmentasi. |
Ringkasan - Pengurutan Exome vs RNA
Exome adalah set lengkap daerah pengkodean suatu organisme dan teknik yang terlibat dalam penentuan urutan nukleotida yang tepat dari Exome dikenal sebagai sekuensing exome. Pengurutan RNA adalah teknik yang terlibat dalam penentuan urutan nukleotida RNA suatu organisme. Inilah perbedaan antara sekuensing exome dan RNA.
Unduh Versi PDF Urutan Exome vs RNA
Anda dapat mengunduh versi PDF dari artikel ini dan menggunakannya untuk tujuan offline sesuai catatan kutipan. Silahkan download versi PDF disini Perbedaan Antara Exome dan RNA Sequencing
