Perbedaan Utama - Pengurutan Microarray vs RNA
Transcriptome mewakili seluruh konten RNA yang ada dalam sel termasuk mRNA, rRNA, tRNA, RNA terdegradasi, dan, RNA nondegradasi. Membuat profil transcriptome adalah proses penting untuk memahami wawasan sel. Ada beberapa metode lanjutan untuk pembuatan profil transkrip. Microarray dan RNA sequencing adalah dua jenis teknologi yang dikembangkan untuk menganalisis transcriptome. Perbedaan utama antara microarray dan RNA sequencing adalah microarray didasarkan pada potensi hibridisasi probe berlabel pradesain dengan sekuens cDNA target sementara sekuens RNA didasarkan pada sekuens langsung untai cDNA dengan teknik sekuensing lanjutan seperti NGS. Microarray dilakukan dengan pengetahuan sebelumnya tentang sekuens dan sekuensing RNA dilakukan tanpa pengetahuan sebelumnya tentang sekuens.
DAFTAR ISI
1. Gambaran Umum dan Perbedaan Utama
2. Apa itu Microarray
3. Apa itu Pengurutan RNA
4. Perbandingan Berdampingan - Pengurutan Microarray vs RNA
5. Ringkasan
Apa itu Microarray?
Microarray adalah metode throughput yang kuat, andal, dan tinggi yang digunakan untuk pembuatan profil transkrip oleh para ilmuwan. Ini adalah pendekatan paling populer untuk analisis transkrip. Ini adalah metode berbiaya rendah, yang bergantung pada probe hibridisasi.
Teknik ini dimulai dengan ekstraksi mRNA dari sampel dan pembangunan perpustakaan cDNA dari RNA total. Kemudian dicampur dengan probe pradesain berlabel fluoresen pada permukaan padat (matriks spot). Urutan pelengkap hibridisasi dengan probe berlabel di microarray. Kemudian microarray dicuci dan disaring, dan gambar diukur. Data yang terkumpul harus dianalisis untuk mendapatkan profil ekspresi relatif.
Intensitas probe microarray diasumsikan proporsional dengan jumlah transkrip dalam sampel. Namun, akurasi teknik bergantung pada probe yang dirancang, pengetahuan sebelumnya tentang urutan dan afinitas probe untuk hibridisasi. Karenanya teknologi microarray memiliki keterbatasan. Teknik microarray tidak dapat dilakukan dengan transkrip kelimpahan rendah. Ini gagal untuk membedakan isoform dan mengidentifikasi varian genetik. Karena metode ini bergantung pada hibridisasi probe, beberapa masalah yang terkait dengan hibridisasi seperti hibridisasi silang, hibridisasi nonspesifik, dll. Terjadi dalam teknik microarray.
Gambar 01: Microarray
Apa itu RNA Sequencing?
RNA shotgun sequencing (RNA seq) adalah teknik sekuensing transkriptom keseluruhan yang baru-baru ini dikembangkan. Ini adalah metode throughput yang cepat dan tinggi untuk pembuatan profil transkrip. Ini secara langsung mengukur ekspresi gen dan menghasilkan penyelidikan mendalam tentang transcriptome. Sekuens RNA tidak bergantung pada probe pradesain atau pengetahuan sebelumnya tentang sekuens. Oleh karena itu, metode sekuens RNA memiliki sensitivitas dan kemampuan yang tinggi untuk mendeteksi gen baru dan varian genetik.
Metode pengurutan RNA dilakukan melalui beberapa langkah. Total RNA sel harus diisolasi dan terfragmentasi. Kemudian, dengan menggunakan reverse transcriptase, perpustakaan cDNA harus disiapkan. Setiap untai cDNA harus diikat dengan adaptor. Kemudian fragmen yang diligasi harus diperkuat dan dimurnikan. Akhirnya dengan menggunakan metode NGS, pengurutan cDNA harus dilakukan.
Gambar 02: Pengurutan RNA
Apa perbedaan antara Microarray dan RNA sequencing?
Artikel Diff Tengah sebelum Tabel
Pengurutan Microarray vs RNA |
|
| Microarray adalah metode throughput yang kuat, andal, dan tinggi. | Pengurutan RNA adalah metode yang akurat dan throughput tinggi. |
| Biaya | |
| Ini adalah metode berbiaya rendah. | Ini adalah metode yang mahal. |
| Analisis Sejumlah Besar Sampel | |
| Ini memfasilitasi analisis sejumlah besar sampel secara bersamaan. | Ini memfasilitasi analisis sejumlah besar sampel. |
| Analisis data | |
| Analisis data itu kompleks. | Lebih banyak data dihasilkan dalam metode ini; karenanya, prosesnya lebih kompleks. |
| Pengetahuan Sebelumnya tentang Urutan | |
| Metode ini didasarkan pada probe hibridisasi, sehingga diperlukan pengetahuan sebelumnya tentang urutan. | Metode ini tidak bergantung pada pengetahuan urutan sebelumnya. |
| Variasi Struktural dan Gen Novel | |
| Metode ini tidak dapat mendeteksi variasi struktural dan gen baru. | Metode ini dapat mendeteksi variasi struktural seperti penggabungan gen, penyambungan alternatif, dan gen baru. |
| Kepekaan | |
| Ini tidak dapat mendeteksi perbedaan ekspresi isoform, jadi ini memiliki sensitivitas yang terbatas. | Ini memiliki sensitivitas tinggi. |
| Hasil | |
| Ini hanya dapat menghasilkan tingkat ekspresi relatif. Ini tidak memberikan kuantifikasi absolut dari ekspresi gen. | Ini memberikan tingkat ekspresi absolut dan relatif. |
| Analisis Ulang Data | |
| Ini perlu dijalankan ulang untuk menganalisis ulang. | Mengurutkan data dapat dianalisis ulang. |
| Kebutuhan Personalia dan Prasarana Tertentu | |
| Infrastruktur dan personel khusus tidak diperlukan untuk microarray. | Infrastruktur dan personel khusus yang dibutuhkan oleh pengurutan RNA. |
| Masalah teknis | |
| Teknik microarray memiliki masalah teknis seperti hibridisasi silang, hibridisasi nonspesifik, tingkat deteksi terbatas dari probe individu, dll. | Teknik sekuens RNA menghindari masalah teknis seperti hibridisasi silang, hibridisasi nonspesifik, tingkat deteksi terbatas dari probe individu, dll. |
| Bias | |
| Ini adalah metode bias karena bergantung pada hibridisasi. | Bias lebih rendah dibandingkan dengan microarray. |
Ringkasan - Pengurutan Microarray vs RNA
Metode pengurutan Microarray dan RNA adalah platform throughput tinggi yang dikembangkan untuk pembuatan profil transkrip. Kedua metode tersebut menghasilkan hasil yang sangat berkorelasi dengan profil ekspresi gen. Namun, sekuensing RNA memiliki keunggulan dibandingkan microarray untuk analisis ekspresi gen. Pengurutan RNA adalah metode yang lebih sensitif untuk mendeteksi transkrip kelimpahan rendah daripada microarray. Pengurutan RNA juga memungkinkan diferensiasi antara isoform dan identifikasi varian gen. Namun, microarray adalah pilihan umum sebagian besar peneliti karena urutan RNA adalah teknik baru dan mahal dengan tantangan penyimpanan data dan analisis data yang kompleks.
