Perbedaan utama antara alel dan genotipe adalah bahwa alel adalah salah satu bentuk varian gen yang terletak pada lokus genetik yang sama dari kromosom sedangkan genotipe adalah konstitusi genetik dari suatu sifat tertentu.
Genetika adalah studi tentang gen dan pola keturunan dalam organisme. Kromosom adalah struktur yang mengandung informasi genetik suatu organisme. Oleh karena itu, pada eukariota, ada sejumlah kromosom tertentu yang ada dalam genom. Setiap kromosom memiliki ribuan gen yang merupakan daerah spesifik dari kromosom. Faktanya, gen adalah unit struktural dalam genetika yang menyimpan informasi genetik untuk menghasilkan protein. Setiap gen memiliki dua salinan yang diturunkan dari setiap orang tua.
Demikian pula, alel adalah varian dari gen atau bentuk gen. Selain itu, setiap gen memiliki dua bentuk alel yang menentukan karakteristik yang dikodekan oleh gen tersebut. Oleh karena itu, genotipe adalah susunan genetik suatu organisme yang ditentukan oleh distribusi alel dalam gen yang berbeda.
