Perbedaan utama antara HPLC dan GC adalah bahwa HPLC menggunakan fase diam padat dan fase gerak cair sedangkan GC menggunakan fase diam cair dan fase gerak gas.
HPLC dan GC adalah metode pemisahan senyawa dari campuran. Sementara HPLC mengacu pada Kromatografi Cairan Tekanan Tinggi, GC hanyalah Kromatografi Gas. Jadi, HPLC berlaku untuk konstituen yang berupa fluida, tetapi GC berguna bila senyawanya berbentuk gas atau senyawa yang mengalami penguapan selama proses pemisahan. Namun, keduanya memiliki prinsip dasar yang sama dari molekul berat yang mengalir lebih lambat daripada molekul ringan.
