Perbedaan utama antara metafase 1 dan 2 adalah bahwa dalam metafase 1, kromosom homolog berpasangan di pelat metafase sementara di metafase 2, kromosom tunggal berbaris di pelat metafase.
Meiosis adalah proses yang mengubah sel diploid menjadi empat sel haploid selama pembentukan gamet. Ini adalah proses penting karena meningkatkan keragaman genetik di antara keturunannya. Meiosis sangat penting dalam reproduksi seksual karena pentingnya dalam pembentukan sel haploid. Meiosis terjadi melalui dua divisi inti berturut-turut yang disebut meiosis I dan meiosis II. Setiap divisi nuklir dapat dibagi lagi menjadi Profase, Metafase, Anafase dan Telofase. Oleh karena itu, metafase adalah tahap pembelahan sel di mana kromosom mengatur di sepanjang pelat Metafase. Metafase 1 dapat ditemukan pada meiosis I sedangkan metafase 2 dapat ditemukan pada meiosis II. Metafase 1 dan 2 berbeda satu sama lain.