Perbedaan utama antara endopeptidase dan exopeptidase adalah bahwa endopeptidase memutus ikatan peptida di dalam molekul protein sedangkan exopeptidase memotong ikatan peptida di terminal molekul protein.
Protein adalah makromolekul penting, yang penting untuk sebagian besar reaksi biokimia yang terjadi di semua organisme. Asam amino yang berbeda bergabung bersama dan membentuk protein ini. Selanjutnya enzim mengkatalisis hidrolisis protein kembali menjadi asam amino. Mereka adalah enzim spesifik yang disebut protease atau peptidase. Oleh karena itu, mereka memiliki kemampuan untuk memecah rantai peptida protein menjadi asam amino. Selain itu, peptidase dapat berupa endopeptidase atau eksopeptidase.
