Perbedaan utama antara Protostom dan Deuterostom adalah bahwa dalam protostom blastopori menjadi mulut sedangkan pada deuterostom menjadi anus. Perbedaan utama lainnya adalah embrio protostom mengalami pembelahan spiral sementara embrio deuterostom mengalami pembelahan radial.
Dalam memahami kedua istilah ini, penting untuk memperhatikan bagaimana perkembangan embrio organisme terjadi. Sangat penting untuk mempertimbangkan hewan dengan selom, yang merupakan rongga berisi cairan yang terletak di antara endoderm (usus) dan mesoderm (kebanyakan lapisan otot); dengan kata lain, selom adalah peritoneum pada mamalia. Protostom dan deuterostom adalah dua jenis utama hewan selomata, dan ada banyak perbedaan di antara keduanya. Mereka terutama berbeda dalam cara mulut dan anus terbentuk selama perkembangan embrio.
