Perbedaan Antara Benzonase Dan DNase

2024 Pengarang: Mildred Bawerman | [email protected]. Terakhir diubah: 2023-12-16 08:39

Perbedaan Kunci - Benzonase vs DNase

Degradasi asam nukleat penting untuk banyak teknik biologi molekuler. Ini banyak digunakan dalam teknologi DNA rekombinan untuk menyingkirkan fragmen DNA dan RNA yang tidak diinginkan. Enzim pendegradasi asam nukleat disebut sebagai Nuklease, dan jenisnya dapat berbeda berdasarkan fungsi yang diperlukan. Nuklease yang mendegradasi DNA dikenal sebagai DNase sedangkan yang mendegradasi RNA dikenal sebagai RNase. Enzim ini banyak digunakan dalam percobaan in vitro dimana tes molekuler in vitro dilakukan untuk mengisolasi DNA, RNA atau protein murni. Benzonase adalah jenis nuklease yang menurunkan DNA dan RNA sedangkan DNase hanya mendegradasi DNA. Inilah perbedaan utama antara Benzonase dan DNase.

ISI

1. Gambaran Umum dan Perbedaan Utama

2. Apa itu Benzonase

3. Apa itu DNase

4. Persamaan Antara Benzonase dan DNase

5. Perbandingan Berdampingan - Benzonase vs DNase dalam Bentuk Tabular

6. Ringkasan

Apa Benzonase?

Benzonase adalah endonuklease hasil rekayasa genetika dari Serratia marcescens. Enzim ini diproduksi dalam inang E. coli dalam skala industri. Benzonase mampu membelah DNA untai ganda, DNA linier, DNA sirkuler, dan RNA untai tunggal. Jadi Benzonase penting secara komersial. Enzim benzonase adalah dimer protein yang memiliki 245 asam amino identik, ~ 30 kDa subunit dengan dua ikatan disulfida esensial. Benzonase membelah asam nukleat pada ujung 5 'dan menghasilkan fragmen dengan ujung 5' bebas. Benzonase dapat membelah asam nukleat pada urutan apapun tetapi lebih menyukai daerah kaya GC.

Benzonase disimpan pada -20 ⁰ C. PH optimum untuk aktivitas enzim adalah 8,0 - 9,2. Aplikasi Benzonase termasuk preparasi sampel untuk elektroforesis gel protein 2D dimana Benzonase menghilangkan asam nukleat yang terikat dan menghilangkan kontaminan asam nukleat dari preparat protein rekombinan. Ini juga digunakan untuk mengurangi viskositas ekstrak protein dan mencegah penggumpalan sel dalam campuran sel.

Apa itu DNase?

DNase adalah nuklease, enzim hidrolitik yang hanya mampu membelah DNA untai ganda. Ada dua jenis DNase utama: DNase I dan DNase II. DNase I berpartisipasi dalam membelah DNA untai ganda untuk menghasilkan polinukleotida dengan ujung bebas 5 '. DNase II terlibat dalam pembelahan DNA untai ganda untuk menghasilkan untai polinukleotida dengan ujung bebas 3 'atau overhang.

DNase I

Fungsi DNase I pada pH optimal antara 7,0 - 8,0. Aktivitas enzim bergantung pada banyak kofaktor ionik yang meliputi, Ca ²⁺, Mg ²⁺ atau Mn ²⁺. Aktivitas Mg ²⁺ dan Mn ²⁺ menentukan fungsi DNase I. Dengan adanya Mg ²⁺, DNase I memotong setiap untai dsDNA secara independen. Ini terjadi secara acak. Sebaliknya, dengan adanya Mn ^2+, enzim membelah kedua untai DNA pada tempat yang kira-kira sama. Pembelahan ini akan menghasilkan dua jenis fragmen DNA; satu jenis dengan ujung tumpul dan jenis lain dengan satu atau dua nukleotida menggantung.

Gambar 02: DNase

DNase II

Fungsi DNase II pada pH optimum 4,5-5,0 dan diperlukan ion logam divalen untuk aktivitasnya, mirip dengan DNase I. Mekanisme DNase II diketahui terdiri dari tiga tahap utama.

1. Beberapa pemutusan untai tunggal diinduksi di dalam tulang punggung DNA.
2. Nukleotida larut asam dan oligonukleotida diproduksi.
3. Pergeseran hiperkromik non-linier terjadi pada fase terakhir.

Penghambat utama enzim DNase termasuk chelator logam, logam transisi dan bahan kimia seperti Sodium dodesil sulfat dan β - merkaptoethanol.

Aplikasi utama DNase meliputi persiapan ekstrak RNA bebas DNA dan ekstrak protein, dan penghapusan template DNA selama percobaan transkripsi in vitro.

Apa Persamaan Antara Benzonase dan DNase?

• Keduanya adalah enzim hidrolitik.
• Keduanya adalah nuklease.
• Keduanya berpartisipasi dengan memutus ikatan fosfodiester asam nukleat.
• Keduanya membutuhkan pH dan suhu penyimpanan yang optimal untuk menjaga aktivitas enzim.
• Inhibitor enzim termasuk agen pengkelat, logam transisi, dan bahan kimia deterjen.
• Aplikasi terutama difokuskan untuk mendapatkan ekstrak DNA, RNA, dan protein dengan kemurnian tinggi.
• Kedua enzim tersebut dapat diproduksi melalui rekayasa genetika.

Apa Perbedaan Antara Benzonase dan DNase?

Artikel Diff Tengah sebelum Tabel

Benzonase vs DNase
Benzonase adalah enzim yang mampu membelah DNA untai ganda, DNA linier, DNA sirkuler, dan RNA.	DNase adalah enzim yang mampu membelah DNA beruntai ganda.
Substrat untuk Enzim
Baik DNA dan RNA adalah substrat untuk benzonase.	DNA adalah substrat untuk DNase.
Struktur
Kisaran pH optimal Benzonase adalah 7,0 -8,0	Kisaran pH optimal DNase I adalah 7,0 - 8,0 dan DNase II adalah 4,5 - 5,0.

Ringkasan - Benzonase vs DNase

Enzim nuklease banyak digunakan dalam berbagai prosedur eksperimental yang berkaitan dengan biologi molekuler dan rekayasa genetika. Benzonase dan DNase adalah dua jenis nuklease. Benzonase terlibat dalam mendegradasi DNA dan RNA sedangkan DNase terlibat dalam pembelahan DNA untai ganda. Inilah perbedaan mendasar antara benzonase dan DNase. Saat ini, kedua jenis nuklease ini diproduksi melalui teknologi DNA rekombinan yang menghasilkan enzim berkualitas lebih tinggi yang dioptimalkan untuk produksi maksimum.

Unduh Versi PDF Benzonase vs DNase

Anda dapat mengunduh versi PDF dari artikel ini dan menggunakannya untuk tujuan offline sesuai catatan kutipan. Silahkan download versi PDF disini Perbedaan Antara Benzonase dan DNase