Perbedaan utama antara pemfokusan kromatofokus dan pemfokusan isoelektrik adalah bahwa pemfokusan kromatofokus adalah jenis metode kromatografi kolom yang menggunakan resin penukar ion, sedangkan pemfokusan isoelektrik adalah jenis teknik elektroforesis yang menggunakan gel gradien pH yang tidak bergerak.
Pemfokusan kromatofokus dan pemfokusan isoelektrik adalah dua teknik yang memisahkan protein menurut titik-titik isoelektriknya. Pemfokusan kromatofokus dan pemfokusan isoelektrik memiliki daya penyelesaian yang besar. Pemfokusan kromat adalah metode kromatografi kolom resolusi tinggi sedangkan pemfokusan isoelektrik adalah metode pemisahan elektroforetik. Selain itu, pemfokusan kromat tidak menggunakan medan listrik sedangkan pemfokusan isoelektrik membutuhkan medan listrik.
