Perbedaan utama antara ketidakcocokan diri gametofitik dan sporofitik adalah bahwa dalam sistem ketidakcocokan diri gametofitik, fenotipe serbuk sari ditentukan oleh genotipe haploid gametofitnya sedangkan pada inkompatibilitas-diri sporofitik, fenotipe serbuk sari ditentukan oleh genotipe diploid tanaman.
Ketidakcocokan diri adalah mekanisme kontrol penyerbukan pada tumbuhan. Ini terutama mencegah penyerbukan sendiri dan memaksakan penyerbukan silang, yang merupakan keuntungan evolusioner. Ketidakcocokan diri terjadi sebagai akibat dari interaksi kimiawi negatif antara serbuk sari dan jaringan gaya dalam alel yang sama. Meskipun serbuk sari dan putik dapat hidup dan subur, perkecambahan serbuk sari tidak terjadi pada tanaman ini. Jika perkecambahan serbuk sari tidak terjadi, tabung serbuk sari tidak dapat terbentuk. Kemudian serbuk sari gagal mengirimkan gamet jantan menjadi gamet betina untuk pembuahan. Akibatnya, mereka tidak bisa menghasilkan biji.
Ada dua sistem ketidakcocokan diri yang utama sebagai ketidakcocokan diri gametofit dan ketidakcocokan diri sporofitik. Mereka adalah sistem ketidakcocokan diri lokus tunggal yang didasarkan pada lokus multi-alelik tunggal (S). Lokus ini terdiri dari satu putik yang mengekspresikan gen S dan satu gen S yang mengekspresikan serbuk sari.
