Perbedaan utama antara spesifisitas substrat dan spesifisitas ikatan adalah bahwa spesifisitas substrat adalah kemampuan enzim untuk memilih substrat yang tepat yang dapat diikat dari sekelompok senyawa serupa sedangkan spesifisitas ikatan adalah kemampuan enzim untuk memilih substrat yang memiliki ikatan serupa dan struktur serupa.
Istilah spesifisitas substrat dan spesifisitas ikatan berada di bawah bidang biokimia, berkaitan dengan aktivitas enzim. Enzim dapat didefinisikan sebagai katalis biologis. Artinya, enzim adalah senyawa yang dapat meningkatkan laju fungsi biologis yang berlangsung di dalam sel, tetapi tidak dikonsumsi selama fungsinya. Istilah spesifisitas mengacu pada cara enzim tertentu berikatan dengan substrat tertentu.
