Perbedaan utama antara sinteni dan kolinearitas adalah sinteni adalah lokalisasi fisik lokus genetik pada kromosom yang sama dalam spesies, sedangkan kolinearitas adalah ko-lokalisasi fisik lokus genetik pada kromosom yang sama dalam spesies berbeda yang melestarikan urutan yang sama.
Sinteny dan kolinearitas adalah dua istilah yang digunakan secara bergantian dalam genomik. Kedua istilah tersebut menggambarkan pola lokalisasi gen pada kromosom pada spesies yang berbeda. Pengaturan gen terkait di antara taksa ini adalah informasi berharga saat menyimpulkan nenek moyang gen yang sama. Synteny mengacu pada lokalisasi fisik lokus genetik pada kromosom yang sama dalam spesies. Kolinearitas mengacu pada lokalisasi fisik lokus genetik pada kromosom yang sama dalam spesies berbeda yang melestarikan urutan yang sama. Oleh karena itu, ini adalah bentuk sintetik.
