Perbedaan utama antara mastigomycotina dan zygomycota adalah bahwa mastigomycotina adalah kelompok jamur polifiletik yang menghasilkan sel flagel dan memiliki rizoid, sedangkan zygomycota adalah divisi jamur yang menghasilkan spora bulat yang resisten yang disebut zigospora selama reproduksi seksual.
Jamur adalah organisme eukariotik berfilamen milik Kingdom Fungi. Mereka menghasilkan spora seksual dan aseksual. Mereka bisa berupa saprofit atau parasit. Ada berbagai jenis kelompok jamur. Kelompok utama adalah mastigomycotina, zygomycota, ascomycota, basidiomycota dan deuteromycota. Mastigomycotina terdiri dari jamur zoosporik di mana banyak yang hanya hidup di air. Jamur Zygomycota merupakan jamur konjugatif yang menghasilkan sifat zigospora. Jamur Ascomycota adalah jamur kantung yang menghasilkan struktur seperti kantung yang disebut ascus. Jamur Basidiomycota menghasilkan struktur berbentuk klub yang disebut basidium. Jamur deuteromycota adalah fungi imperfecti, artinya mereka hanya memiliki status aseksual atau miselium.
