Perbedaan antara Jalur Embden Meyerhof dan Jalur Entner Doudoroff adalah bahwa Jalur Embden Meyerhof adalah glikolisis klasik yang mengubah glukosa menjadi piruvat pada eukariota dan banyak prokariota. Pada saat yang sama, Entner Doudoroff Pathway merupakan jalur alternatif glikolisis pada beberapa bakteri dan mengubah glukosa menjadi piruvat untuk menghasilkan ATP.
Glikolisis adalah tahap pertama dari respirasi sel, yang mengubah glukosa menjadi piruvat. Ada serangkaian reaksi yang terjadi selama glikolisis. Ini juga menghasilkan dua molekul ATP sebagai produksi bersih. Jalur Embden Meyerhof adalah sinonim dari glikolisis. glikolisis terjadi pada eukariota dan banyak prokariota, dan mereka menggunakan glukosa untuk menghasilkan ATP. Tetapi pada prokariota tertentu, terutama pada bakteri tertentu, terdapat alternatif untuk glikolisis. Jalur ini dikenal sebagai Jalur Entner Doudoroff. Dengan demikian, jalur Entner Doudoroff menggantikan glikolisis klasik pada beberapa jenis bakteri.