Perbedaan utama antara elektroforesis gel 1D dan 2D adalah sifat yang digunakan untuk pemisahan protein pada elektroforesis gel. Elektroforesis gel 1D hanya memisahkan protein berdasarkan berat molekulnya sedangkan elektroforesis gel 2D memisahkan protein berdasarkan titik iso-elektrik dan berat molekulnya.
Pemisahan protein dengan elektroforesis gel merupakan teknik penting untuk mengkarakterisasi protein. Protein memiliki sifat yang bervariasi; Oleh karena itu, pemisahan lebih kompleks dibandingkan dengan pemisahan DNA dengan elektroforesis gel agarose.
