Perbedaan utama antara amplifikasi gen dan kloning gen adalah bahwa amplifikasi gen adalah proses pembuatan banyak salinan gen yang diinginkan secara in vitro melalui reaksi berantai polimerase. Tapi, kloning gen adalah proses membuat banyak salinan gen yang diinginkan in vivo dengan membuat plasmid rekombinan dan mengubahnya menjadi bakteri inang.
Gen adalah fragmen spesifik DNA yang mengkode protein. Suatu organisme memiliki ribuan gen. Selain itu, dimungkinkan untuk memperbanyak urutan DNA dari gen penting menggunakan teknik biologi molekuler. Amplifikasi gen dan kloning gen adalah dua prosedur serupa. Kedua prosedur tersebut menghasilkan banyak salinan gen yang diinginkan. Namun, ada perbedaan antara amplifikasi gen dan kloning gen dalam hal metodologinya.
