Perbedaan utama antara endotoksin dan eksotoksin adalah bahwa endotoksin adalah lipopolisakarida yang terletak di dalam dinding sel bakteri sementara eksotoksin adalah protein yang disekresikan ke luar sel bakteri.
Toksigenesis adalah proses menghasilkan racun oleh bakteri patogen. Ini adalah salah satu mekanisme utama yang digunakan bakteri untuk menyebabkan penyakit. Ada dua jenis racun bakteri yaitu endotoksin dan eksotoksin. Ada perbedaan antara endotoksin dan eksotoksin secara struktural maupun kimiawi. Lebih jauh, mereka bertindak berbeda pada organisme hidup. Umumnya, endotoksin adalah lipopolisakarida sedangkan eksotoksin adalah protein.
