Perbedaan utama antara gen epistatik dan gen hipostatik adalah bahwa gen epistatik adalah gen yang mempengaruhi ekspresi gen lain pada lokus yang berbeda sedangkan gen hipostatik adalah gen yang tunduk pada gangguan gen epistatik.
Gen tertentu bergantung pada gen non-alelik lain untuk ekspresi mereka. Epistasis adalah bentuk interaksi gen di mana satu gen mengganggu atau menutupi ekspresi gen lain yang terletak di lokus berbeda. Oleh karena itu, ini adalah jenis interaksi gen non-alelik. Dalam interaksi gen khusus ini, dua gen berinteraksi, yaitu gen epistatis dan gen hipostatis. Karenanya, gen yang menutupi ekspresi gen lain dikenal sebagai gen epistatis sedangkan gen yang ekspresinya terpengaruh dikenal sebagai gen hipostatis.
