Perbedaan utama antara zooplankton dan fitoplankton adalah bahwa zooplankton adalah plankton non-fotosintesis heterotrofik yang merupakan protozoa atau hewan sedangkan fitoplankton adalah plankton fotosintesis autotrofik yang merupakan diatom, cyanobacteria atau alga.
Plankton adalah organisme kecil yang hidup dan mengapung di samudra, laut, atau badan air tawar. Sebagian besar bersifat mikroskopis, dan merupakan sumber makanan penting bagi hewan yang lebih besar. Ada dua jenis utama plankton yaitu zooplankton dan fitoplankton. Zooplankton bersifat heterotrofik, dan termasuk hewan yang tidak mampu berfotosintesis. Di sisi lain, fitoplankton adalah plankton fotosintetik, yang bersifat autotrofik. Selain itu, fitoplankton menyimpan energi melalui fotosintesis dan zooplankton dan nekton (hewan bertubuh besar yang aktif bergerak di kolom air) memakannya. Manusia dan predator lainnya memakan nekton dan beberapa zooplankton yang lebih besar dalam skala besar. Selain itu, aktivitas manusia seperti pencemaran lingkungan, sangat berpengaruh negatif pada aliran energi yang dimulai dari fitoplankton ini.
