Perbedaan utama antara sistem berkas dan basis data adalah bahwa sistem berkas hanya mengelola akses fisik sementara basis data mengelola akses fisik dan logis ke data.
Database dan Sistem File adalah dua metode yang membantu untuk menyimpan, mengambil, mengelola, dan memanipulasi data. Kedua sistem memungkinkan pengguna untuk bekerja dengan data dengan cara yang sama. Sistem File adalah kumpulan file data mentah yang disimpan di hard-drive, sedangkan database dimaksudkan untuk mengatur, menyimpan, dan mengambil data dalam jumlah besar dengan mudah. Dengan kata lain, database menyimpan sekumpulan data terorganisir yang biasanya dalam bentuk digital untuk satu atau lebih pengguna. Singkatan dari database adalah DB. DB dapat diklasifikasikan menurut isinya, seperti teks dokumen, bibliografi dan statistik. Penting untuk diperhatikan bahwa, bahkan dalam database, data pada akhirnya atau secara fisik disimpan dalam beberapa file.