Perbedaan utama antara asam fluorida dan asam klorida adalah bahwa asam fluorida adalah asam lemah sedangkan asam klorida adalah asam kuat. Selain itu, asam fluorida mampu membentuk ikatan hidrogen sedangkan asam klorida tidak dapat membentuk ikatan hidrogen.
Selain itu, satu perbedaan penting lainnya antara asam fluorida dan asam klorida adalah dalam struktur molekulnya. Molekul asam fluorida memiliki ion fluorida sedangkan molekul asam klorida memiliki ion klorida. Selanjutnya, asam fluorida dan hidroklorat adalah donor proton. Oleh karena itu, molekul asam ini dapat terionisasi dalam media air melepaskan proton (H +). Proton ini menyebabkan keasaman dalam media berair.